肝炎是各種因素導致肝細胞發生炎性損傷所致。為了幫助排除其他肝病，有時醫生會建議患者行肝穿刺活檢以證實AIH的診斷。由于血清生化異常和自身抗體滴度均不能可靠地反應疾病嚴重程度，肝活檢可精確評價肝病的分級和分期。特征性的組織學改變是界面性肝炎，伴有主要為淋巴漿細胞的致密淋巴細胞在匯管區及其周圍或界面旁的浸潤和肝細胞碎屑樣壞死。
      

      界面性肝炎則著重于表述肝界板區域肝實質與間質交界處的炎癥反應。慢性肝炎門管區炎癥波及肝界板，引起肝界板呈散在分布的單個肝胞壞死，門管區的炎癥細胞通過肝界板壞死形成的破口浸潤肝實質，導致肝界板及其相鄰的肝細胞簇狀壞死，稱之為碎屑樣壞死。建議應該積極的根據大夫的要求進行保肝護肝，同時還要抗炎癥和補充大量的維生素。