森林腦炎主要表現為高熱、腦膜刺激征、意識障礙、癱瘓等。病程長短不一，一般約2～4周，體溫恢復正常后癥狀逐漸消失，但約半數患者留有不同程度的后遺癥。1、潛伏期一般為10～15日，也可長達1個月。主要有高熱、頭痛、頭昏、乏力、全身不適、四肢酸痛等表現。2、不同類型的森林腦炎，臨床表現和病情嚴重程度都不相同，主要如下：（1）普通型：急起發病，1～2日內達高峰，體溫一般在38℃以上，大多數持續5～10日后下降或再度上升，以稽留熱（體溫恒定地維持在39～40℃，24小時體溫波動不超過1℃）為最常見，也可呈雙峰熱（持續高熱，24小時內發熱呈2次升降）或弛張熱（體溫在39℃以上，24小時體溫波動范圍超過2℃，最低體溫仍超過正常水平）。有不同程度的意識障礙、頸和肢體癱瘓及腦膜刺激征。偶有出血性皮疹，部分患者出現心肌炎癥狀，表現為胸悶、胸痛、呼吸急促、下肢浮腫、心跳加快、心跳節律紊亂等。（2）重型：除高熱或過高熱，迅速出現腦膜刺激征及癱瘓外，還有昏迷等腦實質損害，數小時內進入抽搐、延髓麻痹而死亡。