主要采用外用藥物治療和物理治療，但是面部應慎用，以免遺留瘢痕。數目較多的扁平疣或久治不愈的患者需口服用藥。
      外用藥物需由醫生根據皮損的不同情況，選擇藥物及使用方法。常用的藥物有水楊酸、維A酸、干擾素α-2b凝膠、5%咪喹莫特乳膏、氟尿嘧啶軟膏等。目前尚無確切有效的抗HPV的治療藥物，患者可在醫生指導下，使用一些免疫調節劑，如西咪替丁、左旋咪唑等。物理治療包括冷凍、電灼、刮除和激光等，適用于扁平疣數目較少者。
      

      扁平疣可以用液氮冷凍治療，或者激光治療治療以后外用干擾素軟膏含有細胞生長因子修復皮膚，防止留下疤痕，治療后還要口服增強免疫力的藥物，可以服用匹多莫德分散片。