肛瘺會疼痛。肛瘺平時一般疼痛不明顯，膿液積存于管腔內引流不暢時局部脹痛，并有明顯壓痛，膿液引流后疼痛減輕。肛瘺除了疼痛，還會出現肛周流膿，急性炎癥期流膿多，且常有臭味，慢性炎癥期流膿少，時有時無。肛緣可見索條狀硬塊，因肛內黏液分泌物增多或外口周圍膿液的刺激常導致肛門皮膚瘙癢或濕疹。此外，肛瘺還伴有一些全身癥狀，如貧血、身體消瘦、精神萎靡、排便困難、神經衰弱等。
      

      一般性的肛瘺，在靜止期沒有感染的時候，就能摸到條索樣的物，可能不太疼，或者是不疼。但當肛瘺急性發作，發炎合并感染，或者堵塞的時候，會有局部的炎癥，會有疼痛。肛瘺發作，除了疼痛以外，還往往有局部的紅腫、排異、排膿、排液等表現，有的甚至有發熱等全身的癥狀。