嬰兒有肛瘺的情況開始可以采取保守治療的方法，等嬰兒到三歲以后再考慮手術治療的方法保守治療時能夠減輕癥狀，另外也能夠減少發作的頻率，只是太小的話不方便手術治療及護理。
      

      肛瘺有無癥狀期和急性發作期，無癥狀期會完全沒有癥狀，不需要藥物治療。而嬰兒肛瘺的發病率相對較高，這在男孩中很常見，所以通常不需要及時進行根治性手術，只要每日清洗肛門和臀部洗浴，適當使用抗生素和外用藥膏消炎消腫，控制和減少囊腫的發生，加速自我治療，而肛瘺已經形成的，可采用瘺管切開術或掛線術進行治療，防止出現肛瘺并發癥