一般來說磁共振成像的原理與CT完全不同，他們都屬于計算機成像,而且所成的圖像都是斷層圖像，但是二者在原理上面還有檢查的適應癥上面也是不一樣的，磁共振可以多平面直接成像，也就是說能從橫斷面、冠狀面和矢狀面三個方面成像。而ct只能橫斷面成像。
      磁共振成像的參數比較多，他可以重組腫瘤組織的信號影與周圍組織的信號作對比增強，ct只能依靠單一的光子衰減期受之成像。磁共振具有優良的軟組織對比度，靠近骨骼的病變同樣可以顯示的比較清楚，這也是ct所不具備的。
      另外，與ct相比，核磁共振沒有x射線對人體沒有損害，孕婦都可以做，但是核磁共振也有一些缺點，一個機器成本比較昂貴，檢查的費用偏高一點，還有就是成像的時間比較長，一般來說做一個檢查得半個小時左右，有的時候比如說小孩子或者是一些精神疾病的患者可能不配合，這也是個問題。再就是患者身上如果有金屬物品比如說假牙、心臟起搏器，可能會干擾磁場，這種情況下檢查之前需要取下來。