懷孕早期不良妊娠病因復雜，但大部分情況是由于胚胎本身染色體有問題，才導致流產。已知可能與懷孕早期不良妊娠相關的病因包括：
      1.遺傳學（染色體異常，像羅氏易位，平衡易位），
      針對這個病因篩查夫妻雙方染色體；2.解剖學因素（先天性子宮異常，宮腔粘連，子宮肌瘤，宮頸機能），
      針對這個病因篩查超聲，有問題必須時做宮腔鏡；3.內分泌異常（黃體功能不全，多囊卵巢綜合癥，糖尿病，甲狀腺疾病，高泌乳素血癥
      針對這個病因需要篩查血糖，甲功，激素六項，懷孕后查孕酮；4.免疫學異常（抗磷脂綜合征，同種免疫病可能為母胎界面的免疫耐受機制發生異常，可表現為免疫淋巴細胞增多），
      針對這個病因篩查自身免疫抗體，及免疫淋巴細胞；5.感染因素（是優生檢查中包括的各種病毒等），
      針對這個病因篩查優生；6.環境因素（有機溶劑，藥物，電離輻射，毒素等），
      針對這個病因，備孕及懷孕期間，避免這些不良影響；7.母體血栓形成傾向（就是比較容易形成血栓，表現為血液高凝狀態），
      針對這個病因，孕前及孕后需要篩查凝血功能；8.不明原因（以上已知可能的原因考慮到后，仍有接近50%無法查出明確的病因），9.而且還有一部分胎停育患者查不到病因，但并不是沒有病因，而是基于目前的醫療水平還不能被認識，10.男方因素，精子DNA碎片增高，可能帶來流產風險增高，（其他方面研究還不太明確，但目前越來越重視）。
      針對這個病因，男方篩查精子DNA碎片分析。