目前通過你所描述的癥狀和情況上來看，多數情況下還是考慮存在著過度手淫而導致的前列腺炎癥的可能性比較大，建議能夠最好去其所在地公立醫院去給予檢查一下，如果只是明確存在的前列腺炎癥，建議通過口服治療前列腺炎癥的藥物來給予治療。

      根據你的問題描述分析你這種情況和過度手淫有關，考慮生殖器官可能有細菌性感染，建議口服左氧氟沙星和阿莫西林膠囊治療，平時要注意私密處的清潔衛生，要穿寬松透氣的衣物經常性半夜驚醒或者睡眠不好考慮有腎虛脾虛的表現，建議去中醫院看中醫，用中藥辨證調理下身體。
      

      可能跟頻繁的性沖動刺激引起的前列腺病變有關，要注意避免長時間久坐，適當增加飲水勤排尿，避免煙酒和辛辣刺激性食物，盡量戒除手淫，不見好轉的可以考慮就診，明確診斷后再根據病因采取治療措施比較穩妥。
      以上是對“男性生殖器官根部有點疼”這個問題的建議，希望對您有幫助，祝您健康！